Борис Пашковский родился 20 июня 1900 в Сан-Франциско в семье православного священника Фёдора Пашковского (будущий митроплит Феофил), отправленного в США в 1894. В 1912 отца вызвали обратно в Россию, где Борис ходил в семенарию, которую закончил в 1917.